Fue Campeón del Mundo en contrarreloj individual en 2002. Su carrera destaca al incluir una victoria de etapa en la Vuelta a Andalucía en 1999, una victoria de etapa en la París-Niza en 1999, una victoria de etapa en 2000 el Tour de Francia, el mejor escalador en el Tour de Francia del 2000, gana dos etapas en la Vuelta de 2001, el tercer lugar en los Campeonatos del Mundo en la prueba contrarreloj individual en 2001, y gana dos etapas y el cuarto lugar en la general en el Tour de Francia del 2002. Otras victorias incluyen una victoria de etapa en la Clásica de Bogotá en 1997, un prólogo ganado en la Vuelta a Chile en 1997, una victoria de etapa en el GP Mitsubishi en 1998. Después de unirse a T-Mobile sus logros en el Tour disminuyen drásticamente.
En mayo del 2005 ganó el Tour de Romandía en Suiza, 33 segundos por delante del italiano Damiano Cunego. Romandie se utiliza a menudo como una carrera de preparación para el Giro de Italia. Botero participó en la edición 2005 de la Dauphiné Libéré, cuando ganó la prueba en contrarreloj individual por delante de los estadounidenses Levi Leipheimer y Lance Armstrong, así como ganar la sexta etapa de montaña que lo puso segundo en la clasificación general.
En mayo del 2005 ganó el Tour de Romandía en Suiza, 33 segundos por delante del italiano Damiano Cunego. Romandie se utiliza a menudo como una carrera de preparación para el Giro de Italia. Botero participó en la edición 2005 de la Dauphiné Libéré, cuando ganó la prueba en contrarreloj individual por delante de los estadounidenses Levi Leipheimer y Lance Armstrong, así como ganar la sexta etapa de montaña que lo puso segundo en la clasificación general.