Perteneciente a una familia con una larga tradición en la milicia, en 1771 era cadete, y teniente ocho años después. Fue profesor de matemáticas en la Academia Militar de Barcelona, donde estuvo 5 años.
En 1780 fue trasladado a Indias; primero Puerto Rico, luego Cuba y finalmente Cartagena de Indias, con el empleo de teniente. En 1785 regresó a Europa, en 1789 alcanzó el grado militar de capitán, y en lucha con la Francia revolucionaria a órdenes del general Ventura Caro; en uno de los combates fue herido en ambos muslos.
En 1794 fue nuevamente destinado a Nueva Granada, a petición propia. Fue comisionado como gobernante en Riohacha en 1806, rechazando un ataque inglés. De Riohacha pasó a Bogotá, donde llegó con 30 soldados pardos de caballería en 1809, ofreciéndose como voluntario al virrey Amar para luchar contra los rebeldes.
El coronel Juan Sámano comandaba el batallón de línea Auxiliar en Santafé de Bogotá, cuando ocurrieron los hechos del grito de independencia. Su segundo en la autoridad del mando militar era José María Moledo, quien con otros oficiales no sólo simpatizaron con la revolución, sino que tomaron parte en ella. El 20 de julio de 1810, Sámano permaneció en su cuartel toda la noche, vigilado por Moledo y por Baraya, quienes habían jurado obedecer a la Junta Suprema de Santa Fe. La madrugada del 21 de julio, el coronel Sámano prestó juramento ante el presidente de la Junta, don José Miguel Pey. Por orden de la misma, Sámano fue relevado en el comando del batallón Auxiliar y fue reemplazado por el teniente coronel José María Moledo.
A Sámano se le expidió un pasaporte para que saliera del Nuevo Reino de Granada. Regresó a España, donde fue comisionado para pacificar la región de Quito y Guayaquil. Desde Quito dirigió las operaciones militares realistas contra los rebeldes en Nueva Granada. En el año 1813 fue nombrado por el gobernador Toribio Montes, como jefe de la expedición para recuperar el control del sur del virreinato, alcanzando la ciudad de Popayán el 1 de julio de 1813. Ascendido a brigadier, proclamó allí mismo la Constitución de Cádiz e intimó a los rebeldes para que Cundinamarca y su capital prestaran de nuevo obediencia a España.
Derrotado por Antonio Nariño en la batalla de Alto Palacé (30 de diciembre de 1814) y en la batalla de Calibío (15 de enero de 1814), Sámano huyó con un reducido grupo de soldados a Pasto; allí fue reemplazado por el mariscal de campo Melchor Aymerich, pues según el gobernador Toribio Montes, aunque Sámano era leal a la Corona y tenía mucha práctica militar, le faltaban tácticas más audaces para el triunfo de sus tropas.
Retirado a Quito, fue encargado nuevamente de otra expedición realista sobre la Nueva Granada. Se le restituyó el mando en Pasto, y el 29 de junio de 1816 obtuvo la decisiva victoria en la Cuchilla del Tambo sobre el rebelde Liborio Mejía. En el campo de batalla quedaron 250 muertos y en poder de Sámano, 300 prisioneros y todo su armamento y pertrechos.
El 1 de julio de 1816 las tropas de Sámano ocuparon nuevamente Popayán. Entre los prisioneros patriotas se encontraba el joven soldado José Hilario López, que se salvó de la muerte por circunstancias inesperadas y llegó a ser presidente de Colombia entre los años 1849 y 1853. Asimismo ordenó el fusilamiento del cabecilla rebelde Carlos Montúfar.
Ascendido a Mariscal, Morillo le entregó el mando de Santa Fe de Bogotá como comandante general de la Nueva Granada. Sámano llegó a la capital el 23 de octubre de 1816, desde donde ejerció una represión sin sujeción al virrey Francisco José de Montalvo. Estableció tres tribunales: El Consejo Permanente de Guerra, que dictaba las sentencias de muerte contra los rebeldes; el Consejo de Purificación, que juzgaba a aquellos insurgentes que en su concepto no fueran merecedores de la pena capital; y la Junta de Secuestros, destinada a embargar los bienes de los comprometidos en el delito de rebeldía.
Entre los rebeldes ejecutados se hallaron Camilo Torres, el Sabio Caldas, Joaquín Camacho, Frutos Joaquín Gutiérrez, Antonio Villavicencio, Antonio Baraya, Liborio Mejía, Jorge Tadeo Lozano, Policarpa Salavarrieta y Antonia Santos.
En agosto de 1817 recibió el nombramiento de virrey, gobernador, capitán general y presidente de la audiencia del renacido Virreinato de Nueva Granada, y por real cédula se le concedió la Gran Cruz de la Orden de San Hermenegildo, por sus servicios a la Corona. El 9 de marzo de 1818, Sámano tomó solemne posesión de los cargos. Fundó la Academia de Medicina en Bogotá, pero la Audiencia envió quejas contra el virrey a Madrid.
El 9 de agosto de 1819 llegó la noticia a la capital de la derrota de las tropas de apoyo comandadas por José Barreiro en la batalla de Boyacá, con lo cual Sámano huyó precipitadamente a Cartagena de Indias, donde su autoridad fue desconocida, pues su fama represora fomentó el odio de la población a su persona. Navegó hasta Jamaica, apareciendo luego en Panamá, sin mando administrativo ni mando directo de tropas. En esta situación dimitió, anciano y abrumado por las enfermedades, quedándose a vivir en la ciudad hasta su muerte en julio de 1821, en espera del permiso para volver a España.
