La flora del mar Caribe presenta una gran biodiversidad. Se estima que el Caribe tiene 13.000 especies de plantas y que más de 6.500 de éstas son endémicas. Algunas de las plantas que se pueden encontrar son el aceituno que se ubica principalmente en República Dominicana, el caimito que se extiende por toda la región Caribe, el guayacán (flor nacional de Jamaica), la ceiba (árbol nacional de Puerto Rico y Guatemala) y la caoba (árbol nacional de República Dominicana).
Fauna acuatica del Mar Caribe, en Venezuela.
La fauna del Caribe es característica de clima subtropical, principalmente influida por las corrientes marinas calientes, es endémica en un 42% de sus especies. Existen cerca de 450 especies de peces entre las que se pueden mencionar la barracuda, el mero, la morena y diversas familias de caracinos. También se contabilizan 600 especies de aves, 155 de ellas endémicas como las cortacubas (especie endémica y una de las más antiguas del Caribe); la mayoría de las especies de aves son migratorias como el canario del manglar y la garcita verde. De acuerdo con Bidlife International en el 2006 habían 29 especies de aves en peligro de extinción en Cuba y dos oficialmente extintas. Especies de aves como la amazona puertorriqueña, la yacutinga y la paloma sabanera se encuentran en peligro de extinción.
Existen 500 especies de reptiles en el Caribe, de las cuales el 94% son endémicas como la iguana verde y la iguana azul, endémica de la isla Gran Caimán (ambas en peligro de extinción), la iguana de Mona, endémica de la isla de Mona (Puerto Rico), la iguana rinoceronte propia de República Dominicana, y el cocodrilo americano extendido por las islas del Caribe, Centroamérica y el norte de Sudamérica (en peligro de extinción), así como diversas especies de tortugas marinas como la carey.
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